Logan y retrouve un Charles Xavier qui a renoncé à ses pouvoirs et un Magneto emprisonné dans le pentagone. Le but étant pour Wolverine de convaincre Xavier et Magneto que la guerre va éclater suite à un enchaînement d’évènements provoqués par Mystique : elle cherche à abattre le professeur Bolivar Trask qui est en train de concevoir les Sentinelles, des robots conçus pour lutter contre les mutants. Or, elle est censée non seulement réussir cet assassinat, mais se faire arrêter ensuite, et ses cellules de mutantes vont permettre de faire des Sentinelles cette arme absolue. Logan a donc été envoyé dans le passé faire en sorte que toute cette série d’évènements n’ait jamais lieu, changeant ainsi totalement le futur. Mais il doit notamment composer avec un Magnéto jeune qu’il a libéré mais qui a son propre agenda…
